2006年6月，全国平均气温为20.2℃，比常年同期偏高0.7℃，为1961年以来第5位；全国平均降水量为99.5毫米，接近常年同期。
月内，南方暴雨天气频繁，部分或局部地区发生暴雨洪涝或泥石流、滑坡等灾害, 其中福建、湖南、贵州等地受灾较重; 西北地区东部及湖北、重庆、河南等地旱情发展，东北西部及内蒙古东北部旱情基本解除; 全国有20多个省（市、区）出现了雷雨大风、冰雹、龙卷风等局地强对流天气，其中浙江、江西、山东等省受灾较重；月内，我国中东部地区出现大范围持续高温天气；热带低压“杰拉华”在广东湛江登陆。
